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DNA提取試劑盒,應(yīng)該如何選?

 更新時間:2023-08-30    點擊量:720

實驗室工作中,經(jīng)常會需要用到純化的DNA,這時我們通常需要使用一個商業(yè)的DNA提取試劑盒對目的DNA進行分離純化。市面上有很多類型的提取試劑盒,當(dāng)使用不太熟悉的樣本類型時,選擇合適的盒子是尤為關(guān)鍵的,應(yīng)該如何選擇呢?讓我們一起來看看吧!

一、試劑盒組分

目前大多數(shù)DNA提取試劑盒遵循相同的基本步驟: 裂解,柱純化,洗滌雜質(zhì),柱洗脫。然而,不同的盒子在完成每個步驟的方式上有很大的不同。

二、使用的樣本類型

不同的DNA來源有不同的試劑盒,從實驗室培養(yǎng)的細胞,到臨床樣本,土壤樣本,甚至指紋,也有許多專門用于某些應(yīng)用的試劑盒。

例如,土壤中的腐殖酸或血液中的血紅蛋白會污染純化的DNA,從而干擾下游的DNA實驗(如PCR)。當(dāng)然,也有一些試劑盒會在進行純化步驟之前專門去除這些組分。

如果想從PCR或瓊脂糖凝膠中純化DNA,有許多方法可以提高瓊脂糖凝膠純化的回收率。

三、基因組 VS 質(zhì)粒DNA提取

一般來說,質(zhì)粒DNA分離要比基因組DNA分離溫和。這是因為針對質(zhì)粒DNA的裂解步驟需要染色體DNA與細胞蛋白片段保持結(jié)合,以防止其污染最終的樣品。兩種類型的DNA回收都有試劑盒,甚至有可以同時純化基因組DNA和總RNA的試劑盒。

四、細胞系 VS 生物體

在選擇DNA提取試劑盒時,最重要的變量可能是你所使用的生物體。

1.細菌:許多試劑盒都有用于細菌DNA分離的不同成分,這些試劑盒之間的主要區(qū)別在于細胞是如何被分解的,因為有些細菌比其他細菌更更有挑戰(zhàn)性。例如,形成生物膜的細菌可能比傳統(tǒng)的基于去垢劑的方法需要更強的裂解技術(shù)。

2.動物組織:用于動物組織DNA分離的試劑盒通常具有更溫和的裂解技術(shù),因為大多數(shù)動物細胞不像細菌細胞那樣有細胞壁。然而,動物組織DNA提取的挑戰(zhàn)往往在于選擇合適的組織勻漿方法。此外,許多動物DNA純化試劑盒不使用苯酚/氯仿萃取或乙醇作為沉淀步驟,以減少破壞DNA的風(fēng)險。

3.植物:當(dāng)涉及到植物DNA分離時,必須考慮到其他一些因素,需要注意污染物的去除。植物在純化過程中通常含有未分離的糖,因此,洗滌劑選擇性地與DNA結(jié)合并從溶液中析出,通常是先將洗滌劑溶解在高濃度的鹽溶液中,然后提取DNA。

4.血液:由于技術(shù)上的許多最新進展,血液DNA分離試劑盒中有多種裂解技術(shù)和提取方法可供選擇。從血液中分離出的DNA將在很大程度上決定你使用的裂解和提取的類型。無論應(yīng)用是什么,一定要選擇一種能夠提供純凈、完整、雙鏈和濃縮DNA的試劑盒,以獲得最佳效果。

五、你需要多少DNA ?

大多數(shù)DNA分離試劑盒公司都提供含有類似成分的試劑盒,這種試劑盒可以根據(jù)處理樣品的體積進行縮放。如下是一個基于大腸桿菌的DNA分離試劑盒推薦樣本體積的綱要,范圍很廣。

對于特殊的應(yīng)用,當(dāng)涉及到培養(yǎng)物或組織樣本的數(shù)量時,選擇可能較少。

小量制備: >15 mL

中量提取: 15-25 mL

大規(guī)模制備: 100-200 mL

巨型制備: 500-2,500 mL

甚至高達2.5-5升!

六、時間成本:生產(chǎn)率的考慮

當(dāng)一次處理超過50個樣本時,不再考慮使用小量柱純化,高通量DNA提取試劑盒是更好的選擇,它可以以96孔的形式運行,以便在需要同時處理多個樣本的DNA的實驗。DNA提取試劑盒有各種規(guī)格和大小,然而,共同的主線是,所選擇的試劑盒能產(chǎn)生干凈和濃縮的DNA??梢远ㄆ谠u估DNA提取物的數(shù)量和質(zhì)量,以確保試劑盒適合此應(yīng)用類型。

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